主要内容：

从2019年12月开始，武汉市爆发了不寻常的肺炎疫情，许多病例与出售海鲜以及活体外来动物的华南海鲜市场有关。我们调查了与该市场独立接触史后出现急性呼吸综合征的两名患者。两名患者具有共同的临床特征，包括发烧，咳嗽以及双侧肺野中有片状浸润的多个毛玻璃样混浊。在这里，我们重点介绍了对从支气管肺泡灌洗液（BALF）提取的RNA的低输入宏基因组学下一代测序（mNGS）方法的使用。它迅速鉴定出一种新型冠状病毒（根据世界卫生组织的公告命名为2019-nCoV），它是样品中唯一的病原体，具有很高的丰度水平（测序总RNA的1.5％和0.62％）。整个病毒基因组的长度为29,881 nt（GenBank MN988668和MN988669，Sequence Read Archive数据库Bioproject登录号PRJNA601736），并被分类为β冠状病毒属。系统发育分析表明，2019-nCoV与在犀牛（Horseshoe bats）中循环的冠状病毒（CoVs）接近，例如与蝙蝠冠状病毒BtCoV / 4991（GenBank KP876546，370 nt的RdRp序列缺失）的部分RdRp基因具有98.7％的核苷酸同一性蝙蝠冠状病毒菌株bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21具有87.9％的核苷酸同一性。基于ORF1a / 1b，S和N基因的进化分析还表明，2019-nCoV更有可能是一种从动物独立引入人类的新型CoV。

作者：Liangjun Chen，Weiyong Liu, Qi ZhangORCID Icon, Ke Xu, Guangming Ye, Weichen Wu, Ziyong Sun, Fang Liu, Kailang Wu, Bo Zhong, Yi Mei, Wenxia Zhang, Yu ChenORCID Icon, Yirong Li, Mang Shi, Ke Lan & Yingle Liu

机构：武汉大学生命科学学院现代病毒学研究中心，病毒学国家重点实验室，武汉大学中南医院，华中科技大学附属同济医院等