提交时间： 2020-02-21

作者： Yu, Wen-Bin 1,2 ;      Tang, Guang-Da 3,4 ;      Zhang, Li 5 ;     Corlett, Richard T. 1.2 ;

作者单位：1.中国科学院西双版纳热带植物园综合保护中心；2.中国科学院核心植物园保护生物学中心；3.韶关大学霍英年生物农业学院；4.华南农业大学林业与园林学院；5.中国脑研究所；

摘要：

背景。COVID-19于2019年12月中旬在中国中部武汉爆发。截至2020年2月18日，SARS-CoV-2已在中国和五大洲的25个国家感染了7万多人。本研究利用GISAID-EpiFluTM数据库中的93个SARS-CoV-2全基因组，对近两个月来SARS-CoV-2的进化和人与人之间的传播进行了解码。

方法。利用DnaSP对编码区进行单倍型分析。在密码子中分析取代位点。利用网络进行单倍型进化分析。用DnaSP和Arlequin估计种群大小的变化。根据膨胀参数τ（τ），利用公式t=τ/2u计算种群规模的膨胀日期。8个编码区有120个替换位点，其中非同义替换79个，同义替换40个。42个非同义取代改变了氨基酸的生化性质。没有发现明显的组合。58个单倍型被分为5组，在中国和其他国家的样本中分别发现31个单倍型。根网络表明H13和H35为祖先单倍型，H1（及其后代单倍型，包括华南市场的所有样品）为H3单倍型。据估计，SARS-CoV-2的人口规模最近在2020年1月6日扩大，并在2019年12月8日提前扩大。

解释。与已发表的SARS-CoV和MERS-CoV基因组相比，SARS-CoV-2的基因组变异仍然较低。系统流行病学分析表明，华南市场SARS-CoV-2的来源应为外地进口。拥挤的市场推动了SARS-CoV-2在市场上的快速流通，并在2019年12月初蔓延至全市。此外，系统流行病学方法已经恢复了人与人之间传播的特定方向，以及国际传染病病例的重要来源。

原文链接：http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033